L'embrasement du Sahel occidental trouve ses racines directes dans l'onde de choc de la chute du régime de Mouammar Kadhafi en Libye en 2011, qui a provoqué la dispersion de stocks massifs d'armements lourds et le retour au Mali de combattants touaregs lourdement équipés. En janvier 2012, le Mouvement national de libération de l'Azawad (MNLA) déclenche une rébellion indépendantiste dans le septentrion malien. Très rapidement, les mouvements djihadistes préexistants dans la bande sahélo-saharienne — notamment Al-Qaïda au Maghreb islamique (AQMI), Ansar Dine et le Mouvement pour l'unicité et le jihad en Afrique de l'Ouest (MUJAO) — évincent les séparatistes laïcs et s'emparent des métropoles de Gao, Tombouctou et Kidal en y imposant une application rigoriste de la charia.
Au-delà des facteurs militaires, l'insurrection s'est nourrie de fractures structurelles anciennes : délaissement historique des périphéries pastorales par les gouvernements centraux de Bamako, Niamey et Ouagadougou, corruption endémique de l'appareil sécuritaire, et surtout instrumentalisation des conflits communautaires locaux. Les groupes armés ont exploité avec opportunisme les tensions ancestrales entre éleveurs peuls nomades et agriculteurs sédentaires (Dogons, Bambaras, Mossis) autour de l'accès à la terre, aux forages et aux pâturages, accentuées par le dérèglement climatique et la désertification galopante.